中新网青岛3月11日电(胡耀杰 王禹)记者11日从中国海洋大学得悉,该校海洋生命学院汪岷教授团队根据序列比对和图论办法,开发了病毒分类新东西Viral Taxonomic Assignment Pipeline(VITAP)。该作用近来在世界闻名期刊《天然-通讯》(Nature Communications)上宣布,为病毒组学和病毒生态学研讨供给了重要东西。
病毒不只对人类健康发生深远的影响,也是全球生物地球化学循环的暗地推手。现在大多数病毒分类办法首要依赖于挨近完好的病毒基因组数据,对片段化和不完好的病毒序列分类作用较差。此外,现在的技术手段大多对双链DNA病毒的分类作用较好,而对RNA病毒和单链DNA病毒的高通量精确分类仍存在困难。特别是关于高度不完好的病毒片段,怎么将其精确地进行分类仍然是一个亟须处理的问题。
上述问题约束了业界对环境中杂乱病毒集体的深化解析。怎么精确详尽地对环境病毒进行分类,已成为当今生物学、医学与生态学研讨亟待打破的重要应战。
该研讨团队开发的VITAP经过结合序列比对与图论算法,不只能对DNA及RNA病毒进行精准分类,还为每个分类单元供给了置信度评价,可对长度短至1000个碱基对的病毒基因组序列进行从门到属水平的高效分类,并大幅提升了病毒注释率。
此外,VITAP可以根据世界病毒分类委员会(ICTV)拟定的最新分类数据库进行自动更新,并支撑用户自定义分类数据库。
在后续的剖析测验中,该研讨团队将VITAP办法成功应用于宏病毒组和病毒基因组的注释,成果显现VITAP在科级和属级的分类剖析中不只能坚持超越90%的精确率、精度和召回率,还显现出了优于其他办法的注释率。
整体而言,VITAP在确保高精确率的前提下,完成了更全面、安稳的病毒分类,并为病毒基因组学、分类学和生态学研讨供给了一个高效的自动化新东西。(完)。
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